以成為神奇寶貝大師為目標,小智(松本梨香 配音)、小剛(うえだゆうじ 配音)和小光(豊口めぐみ 配音)帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業(yè)之旅,今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮(zhèn)。在當地一對小兄妹的介紹下,小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻,掌管時間的迪亞魯加和守衛(wèi)神殿的西娜(北乃きい 配音)、凱賓(岸祐二 配音)幫助了他們,能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知,創(chuàng)造了世界的神奇寶貝即將蘇醒,它不僅會使時空扭曲錯亂,還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。